暴徒把商店财物抢掠一空后，便把数以百计的妇女集中起来，然后强行脱光她们的衣服，进行集体轮奸，有些不幸虚脱而死，更有些妇女被奸后遭抛进火坑烧死，惨不忍睹。他们还把在场的女子中较年轻的（往往只有10岁或者11岁）抓过来，当着其他人的面，在她们的母亲、父亲、丈夫和兄弟的面前施以暴行，三次到五次。一家杂志报导，一个父亲被迫当着一家人的面亵渎自己的14岁女儿。
耶稣教会神甫桑迪亚万说：“有一些人打电话给我说，有人活活被烧死，但是无论是武装部队还是救火队还是救护车都不来救援。”他还说：“有一个家庭的大女儿 说，大火熊熊，她的两个妹妹被强奸。”一个妹妹被扔进火中，然后轮到她遭侮辱。在一辆公共汽车里也有妇女被强奸。有一次一个12岁的姑娘竟然遭到七、八个 男人玷污。
据美国《纽约时报》披露，印尼暴徒曾对受害者说：“因为你是华人，所以被强奸。”
印尼“排华”暴行引起世界震怒
6 月份，印尼一名华侨把一封求援信寄至某报，揭露了印尼暴乱期间，暴徒的无耻行为。接着，印尼一个华人团体发出《告全世界同胞书》，呼吁全球华人就目前印尼 暴乱中华人的遭遇，向印尼驻各国使馆抗议，同时敦促各地华人社区要求世界人权组织主持公道，同声谴责印尼当局。这封由署名为“印尼雅加达华裔受难族群”发 出的信件指出，5月13日及14日在雅加达爆发的暴乱，“是印尼有组织反华集团针对华裔居民抢劫、屠杀、纵火焚烧房屋、商店、当众强奸华裔妇女”。信件特 别指责暴徒“集体轮奸妇女及小女孩，并把部份受害人活活烧死”。
美国《纽约时报》引述人权及妇女援助组织一份报告，率先对印尼暴行进行了详细报导，并发出了强烈谴责之声，使得此事件在世界上广为传播，在国际上形 成风暴。马来西亚《星洲日报》把印尼排华暴动的新闻放在最显著的版位，详尽、快速报导印尼华人遭受的苦难。国际舆论愤怒地指出，这同30年代德国法西斯反 犹排犹没有两样。
印尼“排华”暴行披露后，中华民国（台湾）政府向印尼提出“严正抗议”，并紧急派出客机营救受难者。新加坡政府宣布该国的樟宜国际机场二十四小时不关闭，接受难民入境。
美国政府认定是印尼“排华”暴动是种族歧视，并以武力威胁施压迫使印尼当局收敛迫害华人的兽行；美国批准受难华裔的“避难请求”，并派出军舰从印尼接回了大量华人。被救的印尼华人在抵达美国时，在船上打出了“宁做美国狗，不做中国人”的横幅。
同年7月之后，泰国首都曼谷和马来西亚首都吉隆坡等地民众上街游行，抗议印尼排华暴行。香港特区的抗议群众用“黑漆”涂印尼领事馆大门。纽约地区对印尼暴 徒残害印尼华侨感到无比愤慨的华人团体发起万人签名和示威抗议运动，强烈谴责丧心病狂残害印尼华侨的暴行，大力支持声援受难同胞。
7月20日，一批美国南加州印尼华侨成立“救援印尼人权委员会”，并决定寻找印尼暴乱的受害者到华盛顿作证，从而促使印尼当局 审讯强暴华裔妇女的暴徒。马来西亚行动党秘书兼国会议员林吉祥呼吁联合国人权委员会调查华裔妇女在暴乱中被轮奸及屠杀事件，并将结果呈交国际罪行法庭审 讯。
中共当局对印尼的暴行无动于衷
但中共当局却表示“不干涉印尼内政”。中国大陆所有媒体一律禁止发表印尼 “排华”事件，网络上出现的有关内容也多遭删除；同时，北京大学学生组织的抗议行动被制止。中共对印尼的野蛮行径采取不报导，不谴责、不干涉的态度，甚至 如期送给印尼政府4亿元贷款，使本来惊恐万分的苏哈托大受鼓舞。
马来西亚《星洲日报》的专栏作家黄永安说：中共政权不假思索地援引“不干预他国内政”的陈旧国际关系教条，完全是为本身的懦弱和自私的缄默作辩护。 《星洲日报》社长张晓卿说：“我们即使无力阻止悲剧的发生，但是我们应该从理性的思判中挺身而出，替印尼华人说几句公道话。”但是中共连一句公道话也不肯 为印尼的华人说。
中共党史专家、著名政论家凌锋先生撰文披露了中共在印尼反华暴乱中的言行。就在1998年5月13日印尼暴徒进行大烧杀的 前夕，当时的中共外交部长唐家璇，在风雨欲来的时候，竟说印尼华人已入印尼籍，因此在印尼发生事是印尼的“内政”，从而为“排华”暴徒大开绿灯，去掉了他 们仅存的顾忌。两个月后，印尼暴徒有组织强暴华裔妇女的兽行逐渐被揭露以后，当时的外交部发言人唐国强才表示“同情和关注”。
据称，事发当时由于局势极度恐怖、投诉无门，一些华人曾去中共使领馆，要求以人道主义帮助向印尼政府投诉这起“排华”事件，提请当局立即制止事态进一步恶化，但终以投诉者不是中国公民为由遭使领馆拒绝。
印尼骚乱调查报告出笼
在国内外舆论要求查明真相的强烈呼吁下，印尼政府于7月23日成立联合实情调查委员会，其成员包括7名政府代表和11名来自人道志愿者、法律援助团体等民间组织的代表。按原计划，调查委员会应于三个月后，即10月23日向政府提交最后报告，但最终报告公布被迫两度推迟。
11月3日，在印尼司法部大楼内，上百名记者苦苦等待大约5个小时后，联合实情调查委员会在6名应到场的部长级官员全部缺席的情况下，由调查委员会主席马祖基‧达鲁斯曼向报界公布了调查报告的全部内容。
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